1.促使植物生长
使用微生物肥料在促使根系发育、延长叶片功能期、增强光合作用效率等方面有显着作用，并能明显改良棉花，烟叶，水稻、小麦、玉米等品质。
2.改良土壤，培肥地力
微生物肥料能增加土层的团粒结构和透气性，提高土层的含氧量和蓄水量，改良作物根际环境。其中微生物肥料作基肥或菌液灌根，可使板结的土壤变疏松，从而促使了植物单产的不断提高和可持续发展。
3.提高作物抗逆性
首先是抗旱，鉴于其根系发达，增加吸水肥的面积，同等条件下可耐干旱一周以上。二是抗寒,鉴于其含有抗逆因子,在扬花期可抗轻度的寒流逆袭.三是耐热,在高气温过程中能保证植物正常生长,是对于盐碱地种植作物可以显着提高作物的抗盐碱能力。使用本品还可以减轻。苗期立枯、猝倒、红腐等病菌的侵害，而且植株肥壮、生长迅速。
4.促使根系生长，增加养分吸收
微生物肥料能普遍增加各种植物根系的质量达百分之35以上，有甚至成倍增加。微生物肥料中含有解磷解钾菌，能效能更高的分化土壤中植物不能直接利用的氮、磷、钾元素供作物吸收，不断供给作物生长所需的养分。
5.提高产品品质
使用微生物肥料后可以提高各种肥、化肥的利用率和转化率，降低因超量施用化肥带来的硝酸盐超标问题，改良产品的口感，如西瓜等可以增加糖度1.5度以上。
6.促早熟
微生物菌肥可使春天大田茄子提早10天左右上市,可使番茄的自然成熟期与对照组抹催红剂的成熟期相同或提前。
7.抗病防虫
灌根后有益微生物的迅速繁殖抵抗了有害菌的发展，促使作物生长，提高作物的抗病能力；破坏了地下虫卵的生存条件，致使无法成虫。同时对因连作(重茬)引起的生理病害有预防和调节作用。
8.增产，增收
大田粮食作物可增产百分之10以上，在瓜果蔬菜上试验增产效果达百分之30以上，葡萄、西瓜、茄子、黄瓜、豆角等增产效果更高。施用微生物肥料的棉花在株高、茎粗及棉株长势上均占优势，其效能高蕾数、铃数及霜前铃吐絮数显着增多，一般可增产百分之10以上。
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